state (Emission order)	Genome %	Rpt_All_DNA.bed.gz	Rpt_All_LINE.bed.gz	Rpt_All_LTR.bed.gz	Rpt_All_LowCmplx.bed.gz	Rpt_All_Other.bed.gz	Rpt_All_RC.bed.gz	Rpt_All_RNA.bed.gz	Rpt_All_SINE.bed.gz	Rpt_All_Satellite.bed.gz	Rpt_All_Simple.bed.gz	Rpt_All_Unknown.bed.gz	Rpt_DNA_DNA.bed.gz	Rpt_DNA_Merlin.bed.gz	Rpt_DNA_MuDR.bed.gz	Rpt_DNA_PiggyBac.bed.gz	Rpt_DNA_TcMar-Mariner.bed.gz	Rpt_DNA_TcMar-Tc2.bed.gz	Rpt_DNA_TcMar-Tigger.bed.gz	Rpt_DNA_TcMar.bed.gz	Rpt_DNA_hAT-Blackjack.bed.gz	Rpt_DNA_hAT-Charlie.bed.gz	Rpt_DNA_hAT-Tip100.bed.gz	Rpt_DNA_hAT.bed.gz	Rpt_LINE_CR1.bed.gz	Rpt_LINE_Dong-R4.bed.gz	Rpt_LINE_L1.bed.gz	Rpt_LINE_L2.bed.gz	Rpt_LINE_Penelope.bed.gz	Rpt_LINE_RTE-BovB.bed.gz	Rpt_LINE_RTE.bed.gz	Rpt_LTR_ERV.bed.gz	Rpt_LTR_ERV1.bed.gz	Rpt_LTR_ERVK.bed.gz	Rpt_LTR_ERVL-MaLR.bed.gz	Rpt_LTR_ERVL.bed.gz	Rpt_LTR_Gypsy.bed.gz	Rpt_LTR_LTR.bed.gz	Rpt_RNA_RNA.bed.gz	Rpt_RNA_TcMar-Mariner.bed.gz	Rpt_RNA_rRNA.bed.gz	Rpt_RNA_scRNA.bed.gz	Rpt_RNA_snRNA.bed.gz	Rpt_RNA_srpRNA.bed.gz	Rpt_RNA_tRNA.bed.gz	Rpt_SINE_Alu.bed.gz	Rpt_SINE_Deu.bed.gz	Rpt_SINE_MIR.bed.gz	Rpt_SINE_SINE.bed.gz	Rpt_SINE_tRNA.bed.gz	Rpt_Satellite_Satellite.bed.gz	Rpt_Satellite_acro.bed.gz	Rpt_Satellite_centr.bed.gz	Rpt_Satellite_telo.bed.gz
1	0.02099	0.51771	0.19914	0.85330	0.39141	0.00000	0.00000	0.42851	0.97880	0.41654	0.38081	0.59312	1.43469	0.00000	0.00000	3.84619	0.44040	0.25987	0.40043	0.00000	0.18684	0.69864	0.10024	0.00000	0.45805	0.00000	0.12439	0.53929	0.00000	0.00000	0.23797	0.00000	2.49884	0.03019	0.10365	0.08959	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	2.46988	0.00000	0.00000	1.04807	0.00000	0.72233	4.68934	0.00000	1.30269	0.00000	0.00000	0.00000
2	0.01106	0.47493	0.16574	1.56689	0.88162	0.00000	0.00000	2.81606	0.57377	0.00000	0.76340	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	2.46640	0.00000	0.51486	0.51461	0.00000	0.10055	0.50498	0.55289	0.16612	0.09742	0.00000	0.15487	0.23253	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	4.24415	0.17189	0.21604	0.59132	0.18992	0.00000	9.66977	0.00000	0.00000	0.00000	12.82980	0.00000	0.00000	0.51494	0.00000	0.78891	1.31517	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000
3	0.08587	0.43680	0.23830	0.52445	0.70442	0.00000	0.34770	1.33780	0.58918	0.15348	0.68685	0.91856	0.64424	0.00000	0.00000	0.52377	0.21284	0.08796	0.19968	0.20128	0.47685	0.62647	0.38605	1.03138	0.42364	0.00000	0.10562	0.87337	0.00000	0.00000	0.22598	0.00000	1.17319	0.59281	0.14213	0.31402	0.46635	0.17353	2.32438	0.72275	0.59762	3.75019	0.96603	0.00000	3.01782	0.31384	1.34547	1.58125	1.24231	3.18709	0.47999	0.00000	0.00000	0.00000
4	0.11668	0.49056	0.34374	0.34830	0.57622	0.05341	0.54589	1.35412	0.81778	0.25400	0.62468	0.27173	0.79254	0.00000	0.00000	0.40442	0.37094	0.09710	0.22447	0.72973	0.24181	0.70337	0.44498	1.22397	0.76910	0.00000	0.14371	1.28324	0.00000	0.02301	0.40129	0.00000	0.64344	0.38108	0.16762	0.25178	0.54489	0.07766	2.65611	0.95857	2.54114	1.29217	1.02324	0.49836	2.00293	0.56505	0.79406	1.73651	0.38233	1.71558	0.62865	0.00000	0.00000	2.61357
5	0.15139	0.17501	0.09016	0.09584	1.39726	0.00000	0.00000	0.39111	0.26702	0.26252	1.21504	0.12157	0.08433	0.00000	0.00000	0.19846	0.04047	0.04989	0.05260	0.19261	0.04369	0.25136	0.32945	0.58438	0.26864	0.00000	0.02512	0.39301	0.00000	0.00000	0.06363	0.62757	0.18313	0.17402	0.03183	0.07379	0.17669	0.00000	0.00000	0.05999	0.91144	0.30309	0.65751	0.00000	0.91711	0.05847	1.15761	1.02321	0.33310	0.61684	0.28609	0.00000	0.09032	5.50748
6	0.22207	0.14388	0.05564	0.08739	8.03620	0.01661	0.00000	1.33176	0.19420	0.28670	2.43284	0.18246	0.17099	0.00000	0.00000	0.00000	0.05582	0.00000	0.03478	0.02053	0.07578	0.18912	0.33045	0.80443	0.12172	0.00000	0.03376	0.15603	0.00000	0.00000	0.07366	1.18242	0.19661	0.21169	0.02088	0.03034	0.12465	0.14871	0.00000	0.13860	2.32880	0.00000	1.00587	0.33886	5.00177	0.12440	0.63838	0.44680	0.00000	0.57432	0.29390	0.00000	0.17451	3.84673
7	0.34573	0.43156	0.29608	0.50343	4.40044	0.13592	0.12474	3.09702	0.83884	0.43159	1.68844	0.17290	0.50086	0.00000	0.15168	0.37214	0.16719	0.18587	0.21765	0.13311	0.27725	0.60390	0.36755	1.39295	0.43082	0.33620	0.21382	0.68672	0.00000	0.98608	0.30000	0.52848	1.33845	0.61120	0.07105	0.12694	0.16151	0.18405	0.94269	0.18291	0.26883	2.15675	1.62211	1.30706	13.77377	0.79463	0.54727	1.00091	0.84571	0.65527	0.43688	0.00000	0.03509	13.25916
8	0.41463	0.16517	0.09299	0.32796	5.92688	0.05423	0.07414	1.33727	0.25807	0.13885	1.73615	0.10556	0.04105	0.00000	0.00000	0.05912	0.04100	0.01995	0.05031	0.10843	0.13630	0.24946	0.18385	0.61673	0.14910	0.00000	0.05757	0.26390	0.00000	0.12624	0.02919	0.31979	0.90862	0.39147	0.02760	0.06830	0.08869	0.09178	0.00000	0.04624	0.25853	0.71340	2.25564	0.55363	4.59272	0.19621	0.39978	0.48388	0.08537	0.07716	0.32968	0.00000	0.00000	1.64933
9	0.02868	0.12572	0.07958	0.16739	4.14717	0.00000	0.00000	1.80654	0.21836	1.04452	1.79537	0.35053	0.36525	0.00000	0.00000	0.00000	0.03829	0.00000	0.01315	0.09613	0.13777	0.15352	0.22907	1.20128	0.18914	0.00000	0.03593	0.28749	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.37890	0.57455	0.02763	0.07606	0.14000	0.00000	0.00000	0.00000	13.20157	2.08572	1.73545	0.00000	1.07469	0.06991	0.00000	0.75792	0.00000	0.90451	0.40192	0.00000	1.26920	4.02005
10	0.72638	0.94042	0.55261	1.77296	1.38270	0.14668	0.87960	1.40032	1.07717	0.06581	0.88173	0.98398	1.70545	0.00000	0.07878	0.75543	0.68952	1.10450	0.70403	1.55273	0.83713	1.11438	0.94443	1.22840	0.99634	0.67435	0.48023	0.83802	0.00000	1.33409	1.25107	2.13733	3.63912	3.61344	0.73218	0.81653	1.24129	1.51469	0.75939	1.68910	1.15547	2.58549	1.37526	0.45049	1.58312	1.09577	1.77110	1.00410	2.06803	1.59750	0.20581	0.00000	0.00000	0.00000
11	0.53689	0.77102	0.38240	1.33632	0.55743	0.00692	0.89469	1.04606	0.64770	0.04811	0.67529	1.07575	1.49616	0.00000	0.31407	0.41438	0.41237	0.37000	0.37204	1.31668	0.92564	1.05569	0.87686	1.13328	1.03118	0.99276	0.22406	1.08040	4.90242	1.91491	0.72518	1.75015	2.44908	0.97877	0.65438	1.07181	1.56200	1.10751	1.39288	0.92254	1.20325	0.67151	0.47564	1.46318	1.44461	0.43808	3.87752	1.39643	2.52063	1.70472	0.11627	0.00000	0.00316	0.43680
12	0.03851	0.67149	0.32432	0.88261	0.41520	0.03949	0.00000	0.52993	0.79011	0.02465	0.73231	1.83153	0.55257	0.00000	0.00000	1.53183	0.36793	1.04926	0.58967	0.35798	0.78139	0.79809	0.38564	0.30301	0.54317	0.00000	0.20608	0.87590	0.00000	0.00000	0.57022	0.00000	1.36488	0.67039	0.57322	0.85336	0.38050	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.02308	2.84263	0.82374	0.69341	0.00000	1.13849	2.51854	1.19017	0.07710	0.00000	0.00000	0.00000
13	0.11131	0.76561	0.32266	0.50583	0.56754	0.05308	0.18875	1.01263	0.87252	0.07532	0.75774	0.42169	0.27202	9.93823	0.00000	0.41233	0.13969	0.48145	0.60978	1.05166	0.56085	1.00511	0.51335	0.65120	0.74389	0.00000	0.18094	0.96908	0.00000	0.60290	0.54985	1.27095	0.59480	0.45975	0.43954	0.52985	0.17582	0.53728	0.00000	0.40041	2.75079	1.14837	1.19236	1.61501	0.84412	0.76746	1.92546	1.24887	2.06047	1.21960	0.23557	0.00000	0.00000	0.00000
14	2.42249	0.92796	0.42828	0.93145	0.80839	0.03378	1.12190	1.12089	0.79005	0.03734	0.78985	1.21947	1.49433	0.00000	0.11840	0.54715	0.49742	0.71022	0.47071	1.25567	0.99426	1.25718	1.09829	1.43286	1.08368	1.14364	0.25446	1.20290	1.02726	1.90869	0.75457	1.51685	1.26368	0.76725	0.63347	1.02089	1.35595	0.81983	1.38985	1.09014	0.96314	0.75969	0.68007	0.98744	1.84504	0.59015	2.20327	1.50794	1.80203	2.38789	0.10059	0.00000	0.00046	0.24072
15	0.29235	0.46471	0.24541	0.47121	1.28811	0.00000	0.73302	0.77847	0.52113	0.22242	1.31257	0.62396	0.95282	0.00000	0.00000	0.18851	0.12369	0.37132	0.10805	0.68040	0.34688	0.64543	0.97276	1.44110	0.83862	1.23247	0.07629	1.01361	0.00000	0.00000	0.31449	0.51247	0.64264	0.66657	0.31854	0.46226	0.83657	0.41325	0.53291	0.26981	1.78064	0.56055	0.58064	0.89568	1.43190	0.22130	1.54254	1.60684	1.02996	1.40043	0.39153	0.00000	0.06790	2.59354
16	2.76964	1.00090	0.75655	0.98450	1.11445	0.88168	0.77726	1.20697	1.50276	0.36681	1.65469	1.00699	0.75155	1.39997	0.63743	0.65100	0.81890	1.11566	0.69370	1.08718	1.07957	1.15344	1.41232	1.66046	1.25336	1.02248	0.62328	1.35489	0.56674	0.71382	0.92931	0.34285	0.88582	1.04439	1.02666	1.03170	1.13370	0.78694	1.37528	1.14600	1.02852	1.41799	0.99904	1.64501	1.13733	1.47884	1.10351	1.59509	0.46376	0.83075	0.71543	0.00000	0.17966	0.98311
17	0.80865	0.83636	0.50447	0.80151	1.33114	0.04177	0.41570	1.03405	1.13363	0.58402	1.64688	0.71872	1.35949	0.00000	0.42044	0.17483	0.59567	0.69865	0.46625	0.65443	0.97628	1.02516	1.30337	1.72939	1.09083	0.79978	0.31946	1.34922	0.00000	0.36681	0.65799	0.98317	0.87057	0.87228	0.73833	0.80372	0.98922	0.32471	0.63006	0.85668	1.22970	1.34462	0.91515	1.20833	1.25997	0.97285	0.93245	1.71999	1.08471	0.95326	0.33247	0.00000	0.68398	1.38044
18	0.01352	0.60832	0.26976	0.37915	1.67198	0.00000	0.00000	4.85394	0.92840	0.47079	3.94552	0.00000	1.12565	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.81568	0.62355	0.00000	0.00000	0.72664	0.46904	0.40085	0.44133	0.00000	0.11397	1.01589	0.00000	0.00000	0.37955	0.00000	0.35457	0.55822	0.37032	0.38660	0.70988	0.00000	0.00000	0.00000	49.84148	0.00000	0.00000	0.00000	2.10226	0.86878	0.00000	1.14393	0.00000	3.03740	1.21036	0.00000	0.00000	4.13208
19	2.79612	0.97577	0.42051	0.31876	0.66121	0.46758	0.64359	1.29353	1.56001	0.15098	0.62820	0.53513	0.67132	1.76619	0.28645	1.04188	0.67027	0.82449	1.15920	1.05785	0.39186	1.06046	0.22786	0.31185	0.76754	0.10095	0.31007	0.91810	0.00000	1.06227	0.71258	0.15963	0.19453	0.37366	0.38371	0.38483	0.06138	0.21043	0.68881	0.91692	1.16540	2.55154	1.59064	2.18481	0.78443	1.72264	0.35291	0.97440	0.80914	0.82721	0.46457	0.00000	0.00298	0.02336
20	6.53387	1.14369	0.76517	0.48763	0.96975	2.03348	0.83590	1.45753	1.80391	0.06900	0.79524	0.75409	0.86274	0.48805	0.45222	1.58505	0.92002	1.22720	1.31892	1.20461	0.58392	1.21477	0.37767	0.54131	1.01565	0.61322	0.71656	0.97109	0.00000	0.80811	0.98201	0.44765	0.47774	0.77920	0.49195	0.46592	0.24027	0.35320	1.02635	1.49592	0.91751	2.33080	1.75383	1.84854	0.89977	2.03024	0.51714	0.98797	0.63361	0.92258	0.18346	0.00000	0.01245	0.10623
21	0.24720	1.02411	1.03921	2.63356	0.47484	17.77069	0.77565	1.19221	0.89798	1.76162	1.41104	0.19989	0.09335	16.18752	0.46061	0.37431	1.00538	0.69958	1.13931	0.38261	0.25834	1.18867	0.27402	0.33484	0.25121	0.00000	1.15254	0.58385	0.00000	0.00000	0.50394	0.00000	2.92064	5.29871	3.04428	1.17645	0.22460	0.16291	2.24162	0.27555	4.78379	1.34907	1.12891	1.21303	0.55561	1.04620	0.00000	0.36463	0.02158	0.10843	3.78047	0.00000	0.73622	3.39039
22	2.80049	0.72653	1.16201	2.96952	0.72240	7.02518	0.46577	0.74919	0.65727	21.54408	1.22115	0.39505	0.31512	2.60182	0.91475	0.86143	0.86900	0.48946	0.77579	0.40183	0.66012	0.72057	0.65570	0.54105	0.35529	0.20367	1.31377	0.52565	0.00000	0.31056	0.43990	1.77905	3.54410	7.45384	3.14768	1.25607	0.59273	0.43867	0.93642	0.27824	2.67614	0.75049	0.72833	0.70895	0.56160	0.71309	0.11778	0.45739	0.12293	0.34087	9.98394	13.75951	27.50307	11.55698
23	4.92779	0.87745	1.87962	1.66572	0.91163	3.51379	0.72992	0.62259	0.69866	2.69679	1.11654	0.63058	0.61564	2.12918	1.44040	1.14380	1.18269	0.96993	1.07549	0.59648	1.01045	0.70338	0.85411	0.71254	0.61278	0.37807	2.15990	0.67534	1.21782	0.46166	0.69590	1.83522	2.00308	3.44097	1.44296	1.38486	0.87067	1.08048	0.76203	0.48987	0.85173	0.53509	0.80072	0.47486	0.65727	0.73253	0.43413	0.57655	0.68937	0.47841	3.85724	5.03502	2.12746	2.57393
24	0.09583	0.41785	0.47245	2.16377	1.17739	2.04955	0.36233	9.14627	0.34365	78.58531	6.36908	0.35263	0.00000	0.00000	0.00000	0.02693	0.29715	0.11259	0.27893	0.84423	0.06628	0.60961	0.30406	0.07861	0.17145	0.00000	0.50797	0.33853	0.00000	0.00000	0.22167	0.00000	3.21423	2.36999	2.10071	0.83844	0.50722	0.00000	0.00000	0.04563	96.69271	1.19706	1.07891	0.00000	0.89616	0.35648	0.00000	0.29947	0.00000	0.00000	167.81429	226.03102	35.85299	39.14675
25	73.48184	1.03029	1.04106	0.95534	0.96522	0.55895	1.10071	0.94279	0.94225	0.20975	0.97382	1.10323	1.07413	0.88605	1.14042	1.00708	1.07057	1.04301	1.03305	1.03365	1.09483	1.00599	1.10478	1.05771	1.06275	1.16395	1.04152	1.03461	1.18817	1.07846	1.09087	1.00334	0.86856	0.61306	0.98968	1.05643	1.12536	1.14380	1.01186	1.03082	0.78744	0.83619	0.93558	0.90884	0.91610	0.92501	1.07651	1.00413	1.07780	1.03123	0.40966	0.20406	0.10360	0.50019
Base	100	3.17622	20.37019	8.52483	0.54494	0.12958	0.01461	0.06285	12.65009	0.40493	0.83937	0.04177	0.01974	0.00057	0.02230	0.01753	0.09120	0.05389	1.09647	0.03047	0.11037	1.45051	0.21341	0.07032	0.35076	0.00389	16.53850	3.35731	0.00034	0.00241	0.11770	0.00619	2.69365	0.28544	3.57966	1.82598	0.12148	0.01604	0.00384	0.01921	0.00567	0.00394	0.01090	0.00850	0.01080	9.90843	0.00579	2.72173	0.00666	0.00747	0.12948	0.00100	0.26624	0.00821